Para cumplir con su Misión la Universidad Nacional de Itapúa define los siguientes principios y valores como fundamento para el ejercicio de sus tareas y funciones, y como guía para la orientación de su desarrollo.

1. El respeto por el interés colectivo sobre el particular y la defensa de la igualdad de oportunidades.
2. La libertad en el proceso de la enseñanza-aprendizaje, la investigación, la difusión del pensamiento en un ámbito de pluralismo ideológico y diversidad cultural que haga posible la promoción del análisis crítico y el debate público.
3. El compromiso con la democracia, la defensa del interés público y el ejercicio de los derechos humanos.
4. La ética como eje principal en el desarrollo integral de la persona.