Con el nombre de San Carlos, los fundadores de la institución, pretenden rendir un homenaje, al Real Colegio Seminario de San Carlos, por su importancia en el proceso de la formación cultural de nuestro país. En la época colonial, los sacerdotes más ilustrados del clero criollo y muchos gestores y ejecutores de la Independencia Nacional concurrieron a sus aulas, que abrían a la juventud paraguaya de su tiempo, posibilidades de superación, hasta entonces vedadas.

El Nombre elegido, compromete el esfuerzo de quienes lo dirigen, pues así como el anterior formó a aquellos que iban a desempeñar un papel prominente en los últimos tiempos de la Colonia y en la Revolución de la Independencia, esta Institución haciendo honor a su eslogan inicial de formar a personas en su integridad intelectual y moral, a través de la excelencia como un medio para servir a la sociedad y con ello, contribuir al desarrollo de nuestro Paraguay.